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刺客信条1链接刺客信条全系列剧情介绍（二）
刺客信条2链接刺客信条全系列剧情介绍（三）
刺客信条兄弟会剧情介绍
艾吉奥
在上一部结尾，艾吉奥看到先行者—伊述的幻影。
先行者
听着她讲了些莫名其妙的话后，艾吉奥带着疑惑离开了密室，从这伊述人的话中得知信息仅有，在未来世界，人类将面临巨大的灾难，而解决问题的关键是戴斯蒙德，但戴斯蒙德是谁，目前艾吉奥还不得而知。
从密室出来，发现教皇罗德里戈已经逃走了，而作为钥匙的伊甸权杖陷入机关，艾吉奥想带也带不走。
随后，艾吉奥回到组织，向成员分享了自己在密室中发生的种种事情，包括自己放走了教皇—罗德里戈，这让同伴马基雅维利大为不满，他告诉艾吉奥，这一行为将使我们为你付出代价，并表示自己要即刻赶往罗马。
只有我们的敌人都除掉了，我们才能谈论关于密室，众神以及古代地点的事。你本该杀了他的，现在我们会为此付出代价的。
马基雅维利
不过艾吉奥无所谓了，给自己放起了假，又是泡澡又是造小人的，好不快活。
第二天一早，艾吉奥想“提枪”再战，没想到竟被一颗炮弹打穿了房间。原来是教皇罗德里戈的儿子——圣殿骑士切萨雷。他召集了军队，对领地发起了突袭。虽然艾吉奥带领士兵进行反击，但无奈寡不敌众，最后叔叔马利欧被当众枪决，卡特琳娜也被抓走。（不了解这两个人的可以看我刺客信条2的链接）
我们之间的斗争已经令双方死伤不少，我想适当的净化是必要的，因此将这当成我家族向你家族所发出的......邀请！
艾吉奥赶来，却不幸被驻守的圣殿骑士击中，摔下楼顶身负重伤，这场仗是打不了了，赶紧跑路吧。随后便带着一家人通过豪宅的密室逃离了这里。
艾吉奥让母亲以及妹妹回佛罗伦萨的老家避难，自己则是骑马赶往罗马城，让这入侵者付出血的代价。在路上，艾吉奥因伤势过重最后失去意识倒在路边。
倒在路边
艾吉奥醒来，发现自己被安置在一个农妇的家中，从她口中得知是马基雅维利救下了艾吉奥，并且还送来了武器装备。
艾吉奥整理完后见到了马基雅维利，他带着艾吉奥参观了罗马城并告诉他，杀死你叔叔马利欧的人，正是波吉亚家族的切萨雷，他冷血无情，为达目的不择手段，是教皇军的统领而且和法兰西王国关系密切，势力极为庞大。
切萨雷
切萨雷
按照这架势怕是要吞并整个意大利了，到时候欧洲将陷入腥风血雨之中。两人走了半天，艾吉奥也有些腰酸背痛了，他问塔基亚维利，罗马那么大，为什么不租匹马呢？马基雅维利回答道：波吉亚家族的势力覆盖整座罗马城，最能作为代表的就是这些哨塔以及里面的军官，在他们的地盘里，你是无法使用这些店铺的。
哨塔
艾吉奥话不多说，迅速地击毁了这座据点，但同样的据点几乎覆盖了整个城市，他知道仅靠自己的力量是不足以推翻波吉亚的统治，需要联合各方势力。
于是艾吉奥先是找到了佣兵组织的头头——巴托洛缪。
巴托洛缪
巴托洛缪正率军同时抵抗法兰西和切萨雷军队的进攻，情况非常严峻。艾吉奥将附件的波吉亚军官杀死，清除了这附近的波吉亚势力，巴托洛缪非常高兴，这样他就能专心对抗法兰西的军队，作为回报，他将协助艾吉奥去掌握波吉亚家族的一举一动。
随后艾吉奥在酒馆门口遇到了盗贼领袖——拉博尔佩。
艾吉奥想和他还有他的盗贼组织联手一起反抗波吉亚家族，但是遭到了拉博尔佩的拒绝，他认为马基雅维利是刺客组织的叛徒，是教廷的大使，切萨雷的贵宾。马基雅维利甚至在庄园遇袭之前就背叛了艾吉奥。但艾吉奥并不认同，他认为马基雅维利虽然不讨人喜欢，但他是个绝对忠实的刺客。
拉博尔佩
之后艾吉奥在与盗贼组织的一次行动中，救下了组织里的一名少年，拉波尔佩对此十分感谢艾吉奥，并决定相信艾吉奥的判断。
最后艾吉奥来到盛开玫瑰，想和老板索拉莉夫人商谈合作，没想到索拉莉夫人已经被奴隶贩子绑架，以此要挟用金币换取她的性命。
艾吉奥带着赎金来到船上，奴隶贩竟然当着艾吉奥的面将索拉莉夫人杀死。
艾吉奥一气之下杀了船上的所有人。艾吉奥将索拉莉夫人的死讯带回盛开玫瑰，居然发现母亲和妹妹也到了这里，母亲告诉艾吉奥，他们不忍让艾吉奥一个人对抗波吉亚家族，她们也想出一份力，正巧索拉莉夫人已死，并且妹妹有过经营马利欧庄园的经验。
艾吉奥决定让妹妹负责管理盛开玫瑰，以通过店里的暗娼四处打探情报。
至此，艾吉奥拥有了
拥兵部队
盗贼组织
盛开玫瑰
艾吉奥的势力终于成型。
在之后的时间里，艾吉奥救出了情人卡塔琳娜，他四处招兵买马，召集那些同样不满被波吉亚统治的人，以扩充自己的势力，并且陆续消灭了波吉亚家族的据点以及军火库，逐步占领波吉亚家族的地盘，甚至刺杀了和切萨雷有密切合作的法军将领。
切萨雷终于被艾吉奥逼得走投无路，他找教皇罗德里戈索要资金与军队，不过罗德里戈早已对这贪得无厌的儿子心灰意冷，他想用苹果毒杀切萨雷，但反被其所杀。
这一切被艾吉奥收入眼帘，艾吉奥乘切萨雷去寻找金苹果的时候潜入房间，为罗德里戈的遗体进行了祷告，并从皇后那得到了金苹果的情报，抢在切萨雷之前得到了金苹果。
借着伊甸神器的力量，艾吉奥彻底消灭了罗马城内残存的波吉亚势力，切萨雷也被教皇军关押起来。
艾吉奥回到据点后，总有种不太对的感觉，他想起上一部结尾因为放过了教皇罗德里戈导致庄园被其儿子切萨雷袭击。俗话说一朝被蛇咬，十年怕井绳。在达芬奇的建议下，艾吉奥用金苹果预测了未来，这不测还好，一侧吓得艾吉奥直接跳了起来。
果不其然，切萨雷成功越狱，艾吉奥赶到后，被协助切萨雷越狱的士兵拖延住了时间使其逃脱，随后切萨雷利用自己圣殿骑士的身份，在西班牙重新建立了自己的军队。
五年后，切萨雷带领士兵进攻罗马。这次艾吉奥不会再心慈手软了，一边砍杀切萨雷的军队一边追踪他，最后在城堡上与切萨雷展开决战。
一番对战后，艾吉奥将切萨雷丢下悬崖，终结了这一切。
最后艾吉奥将金苹果放置在罗马竞技场的密室中，保存了下来，并且留下了只有刺客后人才能看到的线索。
时间转到现代，在上一部结尾中，戴斯蒙德一行人因藏身处暴露，转移据点到艾吉奥叔叔马利欧的豪宅，继续寻找金苹果的线索。戴斯蒙德一行人通过Animus得到的信息来到罗马竞技场，通过鹰眼视觉，戴斯蒙德成功找到金苹果，但在他接触到金苹果的一瞬间，金苹果被戴斯蒙德体内的DNA激活，他听到了伊述人—朱诺的声音，并且身体也被她所控制。
停下，求你了。
你所知甚少，我们必须指引你。停止反抗。
不！
完成了。路已经在你面前敞开，只剩她仍待找出，唤醒第六感，去吧，一个人去吧。
Lucy被戴斯蒙德刺杀
刺客信条兄弟会结束
好了，刺客信条兄弟会的故事，就在戴斯蒙德杀死露西的悬念中结束，至于后续剧情的发展，就留在刺客信条启示录里揭晓了。